Unele microorganisme, numite extremofile, pot trăi în medii extreme, cum ar fi ape acide, zone cu radiații intense etc. A afla mai multe despre felul în care pot supravieșui extremofilele în condiții ostile ar putea să îi ajute pe cercetători să înțeleagă mai bine atât viața terestră cât și cea de pe alte planete. În Journal of Proteome Research a fost publicat, la sfârșitul lunii februarie, un studiu în care este descrisă o metodă pentru identificarea extremofielor, care se bazează pe fragmente de proteine în loc de analiza materialului genetic. Folosind această metodă, cercetătorii au identificat două noi bacterii în lacurile de mare altitudine din Chile.
Cercetătorii au cultivat bacterii extremofile în eșantioane de apă din lacurile de mare altitudine (mai mare de 6.000 m) din deșertul Atacama, Chile. Aici intensitatea radiației UV este ridicată, lacurile sunt hipersaline și există concentrații mari de arsenic. Prin metoda sevcvețierii genetice sunt comparate nucleotidele genei ARNr 16s (o genă tipică pentru analiza bazată pe secvențiere) din fiecare probă cu o bază de date pentru bacteriile extremofiele. Cercetătorii au mai folosit și o tehnică mai nouă numită „proteotipizare”, prin
Tehnica mai nouă de „proteotipizare” (“proteotyping”) a analizat fragmente de proteine cunoscute sub numele de peptide pentru a obține așa-numite semnături peptidice, pe care cercetătorii le-au folosit pentru a identifica microorganismele prin compararea lor cu cele bazele de date de proteomi. Cu ajutorul secvențierii genetice, cercetătorii au identificat 63 din cele 66 de microorganisme care au fost cultivate din eșantioanele recoltate din lacurile de mare altitudine. Cele trei microorganisme pe care secvențierea genelor nu a reușit să le identifice, deoarece informațiile lor genetice nu se aflau în baza de date disponibile. În schimb, proteotiparea a identificat, în plus față de secvențierea genetică, două tipuri potențial noi de bacterii extremofile.
Proteotipizarea va putea fi folosită, spun cercetătorii, și pentru identificarea rapidă a vieții extraterestre în măsura în care avem la dispoziție eșantioanele necesare.
