Strămoșii nativilor amazonieni au interacționat în trecut cu o populație misterioasă numită simbolic, „populația Y”. Cine sunt acești oameni și cum au ajuns în pădurea amazoniană, nimeni nu poate spune cu exactitate în acest moment.
Studiile genetice au arătat că toți nativii americani își au originea într-o populație eurasiatică ce a migrat spre America de Nord acum peste 15.000 de ani prin strâmtoarea Bering, pe atunci fâșia de uscat numită Beringia, ce unea Asia de America. Misterul a apărut atunci când au fost analizate datele ADN a circa 30 de grupuri de nativi americani din America Centrală și de Sud. A reieșit că aceștia poartă o amprentă genetică nemaiîntâlnită la ceilalți nativi americani.
Amazonienii derivă dintr-o populație ce este mult mai apropiată de cele din Insulele Andaman, Noua Guinee și Australia, decât de acea populație eurasiatică de acum peste 15.000 de ani. Oamenii de știință susțin că, foarte probabil, o populație pe care au numit-o Y sau Ypykuéra („strămoș” în limbajul Tupi) și-a transmis informațiile genetice amazonienilor. Însă este imposibil de spus cum anume acești indivizi au străbătut întregul Ocean Pacific pentru a ajunge în America de Sud.
