Arborele de cafea Coffea arabica a apărut în urma încrucișării a două specii strâns înrudite, în urmă cu 350.000 până la 610.000 de ani. Acesta este concluzia la care s-a ajuns prin secvențierea genomului celor trei plante de către o echipă internațională. Studiul a fost postat pe site-ul de preprinturi bioRxiv și a fost finanțat în special de compania Nestlé.
Studiul comparativ al genomului a 46 de arbori de cafea sălbatici sau cultivați arată, de asemenea, că specia arabica este originară din zonele muntoase din sud-vestul Etiopiei și că soiul cultivat din secolul al XVII-lea în Yemen există de aproximativ 30.000 de ani. Specia Arabica, cea mai consumată cafea din lume (75% din producția globală), prezintă o diversitate genetică scăzută. Acest lucru se datorează presiunii climatice puternice, reproducerii acesteia prin autofertilizare, dar și selecției umane bazate pe un număr mic de semințe în fiecare etapă a călătoriei sale din Yemen în Europa până în America Latină. Această omogenitate genetică a făcut ca Arabica să fie atât foarte vulnerabilă la atacurile agenților patogeni, cum ar fi ciuperca ruginii portocalii, cât și mai solicitantă pentru condițiile sale de creștere.
Din secolul al XIX-lea, una dintre cele două specii principale de Arabica, Caffea canephora, a fost folosită pentru a produce cafeaua Robusta, care este mai amară și bogată în cofeină, dar și mai rezistentă la agenți patogeni și cu o suprafață de cultură mult mai mare. Descoperirea în 1927 a unui hibrid spontan între Arabica și Canephora a făcut posibilă derivarea soiurilor de Arabica rezistente la rugina portocalie, dar mai puțin aromate, la originea cafelelor de astăzi. Cercetătorii au reușit să identifice genele speciilor de canephora care le conferă această rezistență, care oferă acum posibilitatea de a selecta soiuri de arabica rezistente, dar mai bogate în arome.
